1、結果不同。權利人超過保證期間訴請權利的，法律對于權利人的實體權利不予保護，即，義務人因權利人怠于行使權力而免責，債權債務關系終止。而權利人如果在訴訟時效期間怠于行使權力的，權利人的實體權利并不喪失，其喪失的為勝訴權，即權利人的訴訟利益將無法獲得法律保護，根據《民法通則》第138條規定：“超過訴訟時效期間，當事人自愿履行債務的，不受訴訟時效限制”，從此法律規定可以也可以看出，權利人超過訴訟時效訴請權利的，其實體權利依然存在。

2、保證期間具有約定性和法定性，訴訟時效是法定的，不可以約定。根據我國法律規定，保證期間原則上是約定期間，可以由當事人自有協商確定，在當事人沒有約定或者約定不明或約定無效時，適用法定的保證期間。而訴訟時效為法律的強制性規定，根據《最高人民法院關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規定》第2條、第3條規定，當事人違反法律規定，約定延長或者縮短訴訟時效期間、預先放棄訴訟時效利益的，人民法院不予支持的規定，當事人不能預先排除或妨礙訴訟時效的適用，否則其約定無效。

3、保證期限是不變期間，訴訟時效是可變期間。保證期間為除斥期間，根據除斥期間理論，除斥期間為不變期間，權利人超過除斥期間怠于行使權力將使權利義務歸于消滅(《擔保法》第31條)，設立除斥期間的目的是為了督促權利人及時行使權利，使權利義務的不特定性歸于確定，同時保障法律關系的穩定。訴訟時效與保證期間有別，訴訟時效可以因特定事由中止、中斷、延長。由于保證期間上述特性，要求權利人必須在一定期限內行使權利，這無疑加大了權利人的責任，在實務中，往往有權利人因對法律不了解而喪失保證權利的案件發生，因此，為了維護權利人的合法權益，不因由于超過保證期間行使權利而蒙受重大損失，權利人必須與保證人就保證期間達成約定，且約定必須明確。根據《擔保法解釋》第32條，保證合同約定的保證期間早于或者等于主債務履行期限的，視為沒有約定，保證期間為主債務履行期滿之日起6個月。保證合同約定保證人承擔保證責任直至主債務本息還清為止等類似內容的，視為約定不明，保證期間為主債務履行期限屆滿之日起2年。

二、擔保物權的期限是多久

實現擔保物權最長時間即訴訟時效為3年。擔保物權人在債務人不履行到期債務或者發生當事人約定的實現擔保物權的情形，依法享有就擔保財產優先受償的權利，但是法律另有規定的除外。債權人在借貸、買賣等民事活動中，為保障實現其債權，需要擔保的，可以依照本法和其他法律的規定設立擔保物權。第三人為債務人向債權人提供擔保的，可以要求債務人提供反擔保。反擔保適用本法和其他法律的規定。設立擔保物權，應當依照本法和其他法律的規定訂立擔保合同。擔保合同包括抵押合同、質押合同和其他具有擔保功能的合同。擔保合同是主債權債務合同的從合同。主債權債務合同無效的，擔保合同無效，但是法律另有規定的除外。